Az epidemiológiai és klinikai szempontból jelentős SARS-CoV-2 variánsok vonatkozásában is lényeges szerepe van a COVID-19 elleni vakcináknak.
A SARS-COV-2 klinikailag jelentős variánsok képesek megfertőzni az oltás vagy a korábbi fertőzés által a SARS-CoV-2-vel szemben már meglévő immunitást „szerzett” embereket, valamint a későbbiekben esetlegesen megjelenő további változatok kérdésessé teszik a nyájimmunitás elérését.
A problémát az jelenti, hogy minél szélesebb körben elterjedtek azok az oltóanyagok, amelyek egyes SARS-CoV-2 variánsok ellen hatékonyak, annál nagyobb lesz a szelekciós nyomás azoknak a változatoknak a javára, amelyek elkerülik ezt az immunitást, amíg bármely SARS-CoV-2 változat továbbra is terjed a populációban. A SARS-CoV-2 terjedésének megállítása nem kivitelezhető úgy, hogy az oltással rövid idő alatt egyszerre próbálják eliminálják a variánsokat.
A gyakorlatban nagy valószínűséggel lesznek olyan területek, ahol a SARS-CoV-2 továbbra is kering, lehetővé téve az újabb, klinikailag fontos variáns megjelenését, amely olyan területekre terjedhet át, ahol a vírus korábbi verzióival szemben magas az immunitás szintje. Ha néhány jelenlegi vagy jövőbeli oltóanyag hatékonynak is bizonyul az összes lehetséges változat terjedésének megállításában, akkor felhasználhatók az új változatok megjelenésének megakadályozására, de az ilyen oltások az új variánsok kialakulását is „lehetetlenné” tennék.
Ennek ellenére a gyakorlati tapasztalatok azt mutatják, hogy a COVID-19 elleni vakcinák hatékonyak a kórházi kezelés és a halálesetek megelőzésében.